Az első emberek i. e. 30 000 körül jelentek meg a Japán szigeteken. Feltehetőleg ainuk éltek ott. Földműveléssel és álattenyésztéssel foglalkoztak. A legősibb megtalált régészeti munkák a díszes mintázatú agyagedények. A rízstermesztés i.e. 3. században jelent meg, ez a Jajoi korszak. Ugyanebben az időben jelent meg a kohászat is. Kínai és kóreai bevándorlók kezdtek letelepedni az országban. A mezőgazdaság is ekkor indult rohamos fejlődésnek. Az első írásos említés a Japánokról a kínai Han könyvében szerepel. E szerint a 3. században a legerősebb királysága Japánnak a Jamataikoku volt.

A buddhizmus Japánban a 6. században kezdett kialakulni amikor is korea követeket küldött Japánba a vallás terjesztése végett. Kezdetben ellenállás volt, de hamarosan a buddhizmus a vezető réteg vallása lett. De igazán csak az Aszuka-korszakra terjedt el.

A 8. században, a Nara korban vált egységessé a kormányzás. Központja Nara volt, az akkori császár székhelye. Japán jó kapcsolatot ápolt koreával és kínával és a vezetésben is fokozatosan átvette a kínai rendszert. Ebben az időben jelentek meg az első fenmaradt könyvek is. Mint például a Kodzsiki és a Nihongi. Ezek a krónikák mondákkal mesélik el Japán születését.

794 körül a fővárost Nagaokakjóból Kiotóba költöztették. Ezt az időszakot Heian-kornak nevezik. A  város több mint ezer évig maradt a császárok székhelye. A császár uralkodott de az igazi hatalom egy család kezében volt, ez volt a Fudzsivara család. Sajátos Japán irodalom, költészet és művészet alakult ki. Ebben a korban keletkezett a világ legrégebbi regénye: Muraszaki Sikibu a Gendzsi szerelmei. És a mai Japán himnusza a Kimi ga jo szövege is ekkor íródott.

Japánban egy új harcos osztály alakult ki, a szamurájok. A Kamakura-korszakban a szamurájok körében kezdett elterjedni a kínából felvett zen-buddhizmus. A 13. században Japánt kétszer is megtámadták a mongolok de nem jártak sikerrel, a pusztító szél miatt. Ezeket a szelek a japánok isteni segítségnek tekintették és elnevezték kamikadzének, aminek a jelentése: isteni szél. A császári hatalom kezdett meggyengülni és 1467-ben kitört a polgárháború. Kezdetét vette a Szengoku-korszak.

Japán és nyugat között a kereskedelem akkor indult meg amikor Portugáliából jezsuita misszionáriusok és kereskedők érkeztek. Oda Nobunaga a 16. század végére rentgeteg területet hóditott meg, de merénylet áldozata lett mielőtt még egyesíthette volna az egész országot. Végül 1590-ben, az utódja, Tojotomi Hidejosi egyesítette Japánt. Uralkodása altt kétszer is megszálta Koreát de 1598-ban, a halála után a japánok elhagyták az országot.

Tokugava Iejaszu lett az ország tényleges ura és 1600-ban legyőzte az ellenséges klánokat. Három év múlva sógunná (a császár által kinevezett középkori japán hadvezér) nevezte ki magát és ezzel megkezdődött a Tokugava-sógunátus kora. Csökkent a kereskedelem, elindult a katolikusok üldöztetése, misszionáriusokat és más keresztényeket végeztek ki. 1639-ben a kereskedelem teljesen megszünk és ezzel Japán kétszáz évre elszigetelte magát a külvilágtól, de a belső kereskedelem nagyon is jól haladt. Virágzott a mezőgazdaság, fejlődtek a városok, fellendült a kultúrális élet, szentélyeket, templomokat építettek. De a 18. századtól a helyzet romlásnak indult, a magas adók és a rendszeres természeti katasztrófák miatt, emelett a pénügyi helyzet is romlott.

1854-ben amerikai hadihajók érkeztek Japánba és ezzel véget ért az elszigeteltség. A kanagavai egyezmény értelmében az ország megnyitotta kapuit, ám ez a japánoknak nem kedvezett. A sógun 1867-ben lemondott hatalmáról a császár javára de a nép ezt nem fogadta el, így ismét kitört a polgárháború. A sógunátus végérvényesen megbukott. Meidzsi császár reformjai központosított hatalmat hozott létre és viszaállította az uralkodó ház tekintéjét. Japán átvette a nyugati rendszert az igazságszolgáltatásban. Háborúk indultak a szomszédos területekre. Hamarosan Japánhoz csatolták Tajvant, Koreát és Szahalin déli részét.

Az első világháborúban Japán a győztes oldalon állt így tovább növelhette befolyását és területét. 1931-ben elfoglalta Mandzsúriát. 1936-ban a náci Németország és Japán aláírták az antikomintern paktumot és nöt évvel később az ország csatlakozott a tengelyhatalmakhoz (a német szövetségi rendszerhez tartozó államok a második VH-ban)

1937-ben Japán elfoglalta Kína újabb részét, ami miatt az USA olajembargót léptetett érvénybe a birodalommal szemben. 1941 december 7.-én a Japánok megtámadták Pearl Harbor-t (amerikai hadi támaszpont) és hadat üzentek az Egyesült Államoknak és Nagy Britanniának. Emiatt az USA belépett a második világháborúba.

1945-ben az Egyesült Államok atombombát dobott Japánra, ezzel elpusztította Hiroshimát és Nagaszakit. Emelett még a Szovjetunió is megtámadta az országot, így Japán augusztus 15-én kapitulált.

A háborúban emberek milliói haltak meg a szigetországban, az ipar romokban hevert. Elitélték a Japán hadvezetés nagy részét, a tokiói perben. A biológiai kutatóegység és a császári család a vádak alól mentesültek.

1947-ben Japán új alkotmányt fogadott el. A szövetséges megszállás 1952-ben a San Francisco-i egyezményel ért véget. Négy év múlva az ország belépett az Egyesült Nemzetek Szervezetébe. Japánnak sikerült a 2. legnagyobb gazdasági hatalommá válnia. De hamarosan a fejlődés megtorpant a gazdasági mutatók zuhanni kezdtek és javulás csak a 21. század elejére mutatkozott.